Михаил Рыбалко является воспитанником “Балтики”, за молодежные и вторую команды которой выступал с сезона 2017/2018. Центральный защитник провел один сезон в белорусском клубе “Сморгонь” на правах аренды после чего вернулся в Калининград. За “Балтику-БФУ” футболист провел 62 матча и забил 6 мячей. Также вызывался в сборную ФНЛ.

В сезоне 2023/2024 Рыбалко перешел в “Велес”, став важным элементом оборонительных построений команды.